过敏反应
当患者对所输注血液的血细胞发生过敏反应时，可出现发热、寒战；当对所输注的血浆成分发生过敏反应时，患者可出现寻麻疹，表现为全身皮肤散在白色或红色斑疹，突出皮肤表面，伴有搔痒。如果仅仅是偶然发生输血反应，可以在输血前口服解热镇痛药或抗过敏药；如果经常发生输血反应，应该输注洗涤红细胞；另一防止“发热反应”的方法是使用过滤器将白细胞过滤掉，但是过滤器比较昂贵。防止输血反应比较经济的方法是在输血前注射地塞米松或氢化可的松，每月一次小剂量的类固醇激素是安全的。
溶血反应
由于配血或输血过程中的错误，可造成ABO血型不合溶血反应，患者表现为发热、寒战，解酱油色尿。这要求血库工作人员及输血的护士严格查对姓名及血型，防止发生输错血。25％地中海贫血患者可产生某种红细胞抗体，使得患者在输血后血红蛋白快速下降，如果患者是在5岁后才规律输血的，较易产生红细胞抗体。解决的方法是找出“完全的适合的供血者”，这需要非常仔细的筛查血液，确定所输血液不会对患者特定的红细胞抗体产生反应。另一解决的方法就是给患者服用小剂量的类固醇激素。
传染性疾病
输血最常见的感染是病毒性肝炎，一种是乙型肝炎，由于乙肝病毒携带者是不能献血的，所以输血引起的乙肝是很少的；但由于少量乙肝病人处于“窗口期”（即病人刚刚感染乙肝病毒，病毒量太少，不能被检测出来），所以仍有输血引起的乙肝的可能。因此地中海贫血患者应该常规进行三剂乙肝疫苗的接种，（第0、1、6个月注射）。另一种是丙型肝炎，可造成严重急慢性肝炎，目前丙肝尚无有效疫苗来预防。
